Skuldviridae ⇐ Proyectos de artículos

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'''''Skuldviridae''''' es uno de los A partir del 8 de marzo de 2024, la familia '''''Skuldviridae''''' (familia (biología)) también incluye monotípicamente solo el género único (biología) '''''Delusorvirus'''''. nombre de referencia="ICTV"/>>>

Todos los miembros de ''Atroposvirales'' y ''Skuldviridae'' han sido identificados mediante metagenómica (a marzo de 2023).
Sus supuestos huéspedes pertenecen a la clase Lokiarchaeia dentro de Asgardarchaeota; esto los clasifica no taxonómicamente como virus Asgard entre los virus de arqueas.

== Descripción ==
Hasta la fecha (a octubre de 2021), no se ha aislado ningún virus que infecte a miembros de Asgardarchaeota.
La razón de esto radica principalmente en las dificultades para cultivar los huéspedes Asgardarchaeota.
Por lo tanto, todos los virus Asgard previamente reconocidos oficialmente se identificaron mediante metagenómica. Sin embargo, en octubre de 2021, había tres grupos de virus que se descubrieron mediante metagenómica en muestras de sedimentos de aguas profundas y se asignaron a huéspedes de Asgardarchaeota, incluidos los ''Skuldviridae'' (Skuldviruses,
Por lo tanto, se cree que los Skuldvirus pertenecen a un nuevo orden de virus dentro de estos ''Tectiliviricetes'', entre otros órdenes que incluyen dos con huéspedes bacterianos (bacteriófagos: ''Vinavirales'' con la familia ''Corticoviridae'' y ''Kalamavirales'' con la familia ''Tectiviridae''), uno con huéspedes arqueales (virus arqueales: ''Belfryvirales'' con la familia ''Turriviridae'') y otro con huéspedes eucariotas (''Rowavirales'' con la familia ''Adenoviridae'' ) .>

=== Anfitriones ===
Se prevé que los virus del género ''Delusorvirus'' infectarán arqueas de la clase Lokiarchaeia (Asgardarchaeota) como virus Asgard.
Esta es una clase hermana de Heimdallarchaeota|Heimdallarchaeia, que en la mayoría de los análisis filogenéticos forma un clado hermano de los eucariotas.Pertenece a los eucariotas (complejos- organismos celulares) todos los verdaderos organismos multicelulares, incluidos hongos, plantas y animales, incluidos los humanos. Los virus de este grupo son de particular interés desde el punto de vista de la evolución (cf. hipótesis de la eucariogénesis viral).

=== Ubicación y hábitat ===
En 2022, Sofia Medvedeva ''et al.'' publicó un estudio metagenómico en el que identificaron 20 MAGs contig#MAGs|de Asgardarchaeota a partir de muestras de sedimentos de cuencas de aguas profundas frente a la península de Shimokita (Japón).Sitio C9001, profundidad del agua 1.180 metros|m, profundidad del sedimento 0,91–363,3 m debajo del lecho marino.

Junto con las arqueas, el eDNA (ADN ambiental,
SkuldV1 también se asoció con Asgardarchaeota MAG de 21. Muestra de sedimentos anóxicos del Hikurangi Graben (también llamado Hikurangi Trough) tomada en abril de 2018 identificado frente a la Isla Norte (Nueva Zelanda)|Isla Norte de Nueva Zelanda.>

SkuldV3 proviene de los conjuntos de datos originales del estudio de Medvedeva ''et al.'' (2022).
SkuldV3 se identificó originalmente a partir de sedimentos submarinos del margen de Cascadia (Programa de perforación oceánica, sitio 1244).
SkuldV1 y SkuldV3 se ensamblaron como cóntigos circulares y, por lo tanto, corresponden a genomas de virus completos.>

Los hábitats de los virus skuld corresponden a los de sus presuntos huéspedes Lokiarchaeia: Lista de fosas de aguas profundas, que se ha demostrado que están en el Pacífico (pero posiblemente en todos los océanos donde se encuentran Lokiarchaeia).

===Genoma y Proteoma ===
Al igual que otros miembros del Reino (Virología)|Código genético del Reino ''Varidnaviria''|los Skuldvirus codifican una cápside#Capsómero|Proteína de la cápside principal (MCP) con plegamiento de proteínas|Tipo de plegado Orígenes de los virus#Varidnaviria|Doble gelatina- Roll (DJR), así como para las ATPasas de empaquetado del genoma putativo de la superfamilia (familia de proteínas FtsK-HerA), que, sin embargo, difieren de las terminasas de los miembros del reino Duplodnaviria y por lo tanto no están directamente relacionadas con ellos. >< br /> Esto se descubrió por primera vez después de que el contig#MAGs|MAG de SkuldV1 se ensamblara a partir de los sedimentos anóxicos de la zona de subducción de Hikurangi.
La búsqueda de secuencia con el MCP SkuldV1 condujo a la identificación de SkuldV2 y SkuldV3.>

Además del DJR MCP, la gran mayoría de Varidnaviria codifican ATPasas de empaquetado del genoma de la superfamilia FtsK-HerA; Un homólogo (homólogo (genética)) de tal ATPasa fue identificado en los tres genomas de SkuldV, mostrando que de hecho son miembros de este reino.
Otras comparaciones mostraron que los virus skuld están más estrechamente relacionados con los virus de las familias ''Corticoviridae'', ''Turriviridae'', ''Turriviridae'', ''Tectiviridae'' (todas las clases ''Tectiliviricetes'' de la Phylum ''Preplasmiviricota'') están relacionados.
Una comparación estructural utilizando un modelo MCP predicho de SkuldV1 también mostró que es más similar al MCP del fago eucariótico PM2 (fago PM2 de Pseudoalteromonas (''Corticoviridae'').
Hubo una concordancia significativamente menor con el virus Pyramimonas orientalis, también eucariota (especie ''Heliosvirus raunefjordenense'', familia ''Allomimiviridae'', anteriormente ''Phycodnaviridae'') de la clase ''Megaviricetes'' del filo hermano '' Nucleocitoviricota'' .>

La gran mayoría de las proteínas de Skuldvirus no tienen similitud con las proteínas codificadas por otros virus conocidos.
El análisis de red (Análisis de conglomerados) mostró que los MCP de Skuldvirus forman su propio grupo, separado de los otros grupos de MCP de DJR conocidos en ese momento, lo que justifica la clasificación taxonómica en su propio orden (Atroposvirales).>>
Debido a la similitud de secuencia de aproximadamente el 87 % entre SkuldV1 y SkuldV3, estos dos virus se clasificaron como dos especies separadas del mismo género.>

== Sistemática ==
La sistemática del orden ''Skuldviridae'' ''Atroposvirales'' es según
Orden (Biología)|Orden ''''''Atroposvirales'''''
* Familia (Biología)|Familia ''''''Skuldviridae'''''
** Género (Biología)|Género '''''Delusorvirus'''''
*** Especie (Biología)|Especie ''Delusorvirus cascadiense''
**** Cepa (Biología)#Cepas de virus|Cepa Lokiarchaeia virus SkuldV3, longitud del genoma 11.372 pares de bases|pb *** Especie ''Delusorvirus hikurangiense''
**** Cepa del virus Lokiarchaeia SkuldV1, longitud del genoma 11.290 pb
– Ubicación: Hikurangi Trench frente a la Isla Norte (Nueva Zelanda) (Isla Norte de Nueva Zelanda), 21. Abril de 2018>>
*** Especie “Lokiarchaeia virus SkuldV2”, longitud del genoma 11.871 pb (incompleto)Faltan unos 100 codones (300 pb) del gen para MCP.< ref name= "Medvedeva2022"/>>
–Ubicación: sedimentos bajo el fondo marino (
== Etimología ==
El nombre del orden Atroposvirales hace referencia a Atropos, la más antigua de las tres Moirianas, diosas del destino de la mitología griega -corresponden a las Nornas de la mitología nórdica-; el final '
* El nombre de la familia ''Skuldviridae'' se deriva de los virus Lokiarchaeia (Skuldvirus: SkuldV1, SkuldV3, ...); el final ' *: Skuld (cf. de 'culpa') es una de las tres Nornas (diosas del destino) en la mitología nórdica, junto con Verdandi (también Werdandi) y Wurd|Wyrd (también Wurd, cf. Urd|Urðr).>
** El nombre del género ''Delusorvirus'' se deriva de *** El epíteto específico ''cascadiense'' es el genitivo latinizado con el significado 'de Cascadia [Margen]' o 'perteneciente a Cascadia [Margen]', una referencia a la ubicación de la cepa de referencia SkuldV3.
*** El epíteto específico ''hikurangiense'' es de manera análoga al genitivo latinizado con el significado 'de Hikurangi' o 'perteneciente a Hikurangi', una referencia a la ubicación de la cepa de referencia SkuldV1.

== Notas ==


La Fosa de Hikurangi, también conocida como Depresión de Hikurangi, es una fosa de aguas profundas en el fondo del Océano Pacífico frente a la costa este de la Isla Norte de Nueva Zelanda, que se encuentra entre el extremo sur del Estrecho de Cook y Chatham Rise. Es la continuación sur de la fosa Kermadec, mucho más profunda, y se encuentra en la zona de subducción del margen Hikurangi. Véase también la desintegración de Gondwana y Zealandia.





Sofia Medvedeva, Jiarui Sun, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin, Takuro Nunoura, Christian Rinke, Mart Krupovic: [https://ictv.global/ictv/proposals/2022 ... les_no.zip Crear un nuevo pedido, ''' Atroposvirales'' y dos nuevas familias, '''Verdandiviridae''' y '''Skuldviridae''' para la clasificación de virus de Asgardarchaeota] (zip:docx). Propuesta 2022.002A al ICTV (adoptada), octubre de 2021 (

Comité Internacional de Taxonomía de Virus|ICTV: [https://ictv.global/taxonomy/taxondetai ... posvirales Orden: ''Atroposvirales'']. Versión 2022, MSL n.º 38.


Comité Internacional sobre Taxonomía de Virus|ICTV: [https://ictv.global/taxonomy Taxonomy Browser].


Centro Nacional de Información Biotecnológica|Explorador de taxonomía NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... e=3&unlock Atroposvirales].< br />

Centro Nacional de Información Biotecnológica | Nucleótidos NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2243215601 LC711076]. ADN del virus de las arqueas de Asgard SkuldV2, genoma completo.


[https://www.mtu.uni-bremen.de/cascadia- ... argin.html Cuenca y margen de Cascadia]. En: Geofísica marina: investigación y topografía sismoacústica. Universidad de Bremen, Departamento de Tecnología Marina/Investigación Ambiental: Geo Bremen (mtu.uni-bremen.de).



Sofia Medvedeva, Jiarui Sun, Natalya Yutin, Eugene V. Koonin, Takuro Nunoura, Christian Rinke, Mart Krupovic: ''Tres familias de virus arqueales de Asgard identificadas en genomas ensamblados en metagenomas''. En: ''Nature Microbiology'', Volumen 7, núm. 7, julio de 2022, págs. 962–973; doi:10.1038/s41564-022-01144-6, PMID 35760839, Hyper Articles en Ligne|HAL-Pasteur:[https://pasteur.hal.science/pasteur-03711350/document 03711350], publicación electrónica del 27 de junio de 2022 (

Tomas Alarcón-Schumacher, Susanne Erdmann: ''Un tesoro de virus arqueales de Asgard''. En: ''Nature Microbiology''. Volumen 7, 27 de junio de 2022, págs. 931–932; doi:10.1038/s41564-022-01148-2. Dazu:
* Nicoletta Lanese: [https://www.sciencealert.com/these-newl ... e-on-earth Estos virus recién descubiertos


Categoría: Familia de virus
Categoría: Bacteriófago

More details: https://de.wikipedia.org/wiki/Skuldviridae